1945年8月、韓国が36年間にわたる日本の植民地支配から解放されたとき、それ以前から引き続き日本に住んでいた在日同胞は、引き揚げか、在留かと、ただ混迷するばかりでありました。当時は、日本の社会全体が敗戦後の混乱した状態であった為、在日同胞の多くは生計を立てるための仕事すらなく、毎日の暮らしを立てていくことは大変厳しいものがありました。

こうした苛酷な生活環境の中で、在日同胞の中には、生活のために思わず道を踏み外す人々がいました。京都民団の指導者たちは､一部の同胞たちのこのような姿に心を痛め、民族愛・同胞愛のもとに彼らを受入、社会復帰を果たすための保護施設の必要性を痛感していました。

そして、京都民団の金元守初代団長が中心となり、在日同胞の為の更生保護事業団体設立のため、設立募金２６０万円の寄附を募り、司法保護事業法に基づき、1947年10月21日、「朝鮮居留民団司法育成会京都支部」を設立しました。

当時は、中京区烏丸丸太町にあった民団京都本部会館敷地内の離れ木造2階建て8畳の間4室を拠点に事業を開始し、翌年の1948年3月、南区唐橋琵琶町に敷地395坪、木造2階建て4棟を購入し、施設を移転しました。

その後、1950年12月、厚生緊急保護法に基づき「京都保護育成会」として更生保護事業を継続し、1952年4月、名称を「財団法人　京都保護育成会」に改めて、施設を上鳥羽に移転しました。そして、1955年10月、施設を現在の右京区西院寿町に移転しましたが、様々な紆余曲折を経て、篤志家による苦難の経営が続きました。そして、1996年3月、更生保護事業法の施行に伴い、財団法人から「更生保護法人　京都保護育成会」となり、2001年３月、施設の老朽化に伴い、日本自転車振興会、更生保護事業財団等からの助成金と当時の理事・評議員の皆様の寄附金を賜り、敷地403坪、建坪200坪の鉄筋コンクリート3階建ての定員20名の現施設を新築、竣工し、現在に至っています。

なお、設立当初は在日韓国人の受け入れでありましたが、現在では殆ど日本の人を保護し、年間延べ人員約6千5百名を受け入れています。